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長峰智希（ながみね ともき）は風見坂学園に通う2年生。両親の仕事の関係で風見坂学園に入学して以来、幼なじみである深菜川夕陽（みながわ ゆうひ）の家で下宿させてもらっている。

平穏な学園生活の中、図書委員会の仕事と、夕陽の家が生業としている喫茶店・夕顔亭（ゆうがおてい）の手伝いが、放課後の日課となっている。そんなある日、智希は憧れの先輩で図書委員長でもある綾瀬紗雪（あやせ さゆき）に一冊の本を勧められ、商店街の外れにある古本屋・風鈴堂（ふうりんどう）に立ち寄る。

智希の予想を裏切らない、寂れた店の外装と調和のとれた店内。湿り気を帯びた空気、真っ黒に汚れた本棚、ほこりを被った本の数々。それでも、すぐに店を出るのも悪い気がして、目的の本を探すことにする。

しばしの間、ぶらぶらと店内を眺めていると、何気なく一冊の古びた本が目に留まる。背表紙には『your diary』と書かれていた。不思議とその本が気になって、おもむろに表紙を開くと――温かい光と共に一人の女の子が飛び出してくる。

「あなたがゆあの新しいお友達？」

自らを神様と名乗る不思議な少女、ゆあとの出会いをきっかけに、智希を取り巻く女の子たちの、止まっていた運命が動き出す。

真っ白な1冊の日記帳と共に――